Masjid sebagai tempat beribadah kaum muslim, merupakan tempat suci. Oleh karena itu, ada peraturan dan etiket yang harus dipenuhi ketika berada di masjid.

Imam

Pemilihan imam sebagai pemimpin salat sangat dianjurkan, meskipun bukan sebuah kewajiban.^[40] Seorang imam haruslah seorang muslim yang jujur, baik dan paham akan agama Islam.^[40] Sebuah masjid yang dibangun dan dirawat oleh pemerintah, akan dipimpin oleh Imam yang ditunjuk oleh pemerintah.^[40] Masjid yang tidak dikelola pemerintah, akan memilih imam dengan sistem pemilihan dengan suara terbanyak. Menurut Mazhab Hanafi, orang yang membangun masjid layak disebut sebagai imam, walaupun konsep ini tidak diajarkan ke mazhab lainnya.^[40]
Kepemimpinan salat dibagi dalam tiga jenis, yakni imam untuk salat lima waktu, imam salat Jumat dan imam salat lainnya (seperti salat khusuf atau jenazah). Semua ulama Islam berpendapat bahwa jamaah laki-laki hanya dapat dipimpin oleh seorang imam laki-laki. Bila semua jamaah adalah perempuan, maka baik laki-laki maupun perempuan dapat menjadi imam, asalkan perempuan tidak menjadi imam bagi jamaah laki-laki.^[40]

Kebersihan

Masjid merupakan tempat yang suci,maka jamaah yang datang ke masjid harus dalam keadaan yang suci pula. Sebelum masuk masjid, jamaah harus berwudhu di tempat wudhu yang telah disediakan. Selain itu, jamaah tidak boleh masuk ke masjid dengan menggunakan sepatu atau sandal yang tidak bersih. Jamaah sebisa mungkin harus dalam keadaan rapi, bersih dan tidak dalam keadaan junub. Seorang jamaah dianjurkan untuk bersiwak sebelum masuk ke masjid, untuk menghindari bau mulut.^[41]

Pakaian

Agama Islam menganjurkan untuk berpakaian rapi, sopan, dan bersih dalam beribadah. Jamaah laki-laki dianjurkan memakai baju yang longgar dan bersih. Jamaah perempuan diharuskan memakai jubah yang longgar atau memakai hijab. Baik jamaah laki-laki maupun perempuan tidak boleh memakai pakaian yang memperlihatkan aurat. Kebanyakan umat Islam memakai baju khas Timur Tengah seperti jubah atau hijab.^[13]

Konsentrasi

Masjid sebagai tempat untuk beribadah tidak boleh diganggu ketenangannya. Pembicaraan dengan suara yang keras disekitar masjid yang dapat mengganggu jamaah di masjid dilarang. Selain itu, orang tidak boleh berjalan di depan jamaah yang sedang salat.^[42] Para jamaah juga dianjurkan untuk memakai pakaian yang tidak bertulisan maupun berwarna supaya menjaga kekhusyuan salat.

Pemisahan gender

Pemisahan antara lelaki dan perempuan di masjid sangat penting, agar tidak menimbulkan syahwat. Posisi jamaah wanita di masjid adalah di belakang jamaah pria. Nabi Muhammad saw dalam hadisnya: "Tempat ibadah terbaik bagi perempuan adalah di rumah". Bahkan khalifah Umar bin Khattab melarang wanita untuk salat di masjid.^[43] Pada beberapa masjid di Asia Tenggara dan Asia Selatan, jamaah perempuan dipisahkan dengan sebuah hijab atau dibedakan lantainya. Sedangkan di Masjidil Haram, jamaah perempuan dan anak-anak diberi tempat khusus untuk beribadah.^[44]

Non-muslim di masjid

Berdasarkan pendapat kebanyakan ulama, penganut selain Islam diperbolehkan untuk masuk ke masjid, selama mereka tidak makan atau tidur didalamnya. Tapi, Mazhab Maliki memiliki pendapat lain yang melarang penganut selain Islam untuk masuk ke masjid dalam keadaan apapun.^[40]
Menurut Imam Hambali, penganut agama samawi, seperti Kristen maupun Yahudi masih diperbolehkan untuk masuk ke Masjidil Haram. Tapi, khalifah Bani Umayyah, Umar II melarang non-muslim untuk masuk ke daerah Masjidil Haram dan kemudian berlaku diseluruh penjuru Arab. Masjid-masjid di Maroko yang menganut Mazhab Maliki melarang non-muslim untuk masuk ke masjid.^[45] Di Amerika Serikat, non-muslim diperbolehkan untuk masuk, sebagai sarana untuk pembelajaran Islam.^[46][47]
Saat ini, di Saudi Arab, kota Mekkah dan Madinah hanya diperbolehkan untuk kaum Muslim saja. Sedangkan bagi non-muslim, diarahkan ke kota Jeddah.^[48]